2006年东三旗村委会向昌平法院起诉同人公司土地承包合同纠纷一案，并提出先予执行申请，昌平法院作出（2006）昌民初字第2967号民事裁定书，裁定同人公司立即将昌平区北七家镇东三旗村承包地内的树木移走。昌平法院未采取先予执行措施，而是经协商由同人公司自行将树木移走，腾出所占土地。昌平法院作出（2006）昌平初字第2967号民事判决，判决解除东三旗村委会与同人公司签订的《土地承包合同》，同人公司将承包地内的树木及草坪移走，恢复承包地原状，同人公司支付东三旗村委会违约金21000元。同人公司不服上诉至北京市第一中级人民法院，北京市第一中级人民法院作出（2006）一中民终字第6326号民事判决，撤销原判决，驳回东三旗村委会的诉讼请求。同人公司从东三旗村委会和太平庄村委会处取得了4841194元苗木补偿。

2006年9月，同人公司将轨道公司诉至北京市第一中级人民法院，要求轨道公司赔偿苗木及喷灌设施损失。在诉讼过程中，法官曾对同人公司苗木及喷灌设施被毁损的现场进行了现场勘察。2007年6月7日，法院做出（2006）一中民初字第11721号民事裁定，裁定驳回同人公司起诉。同人公司不服一审裁定，上诉至北京市高级人民法院。2007年12月20日，北京市高级人民法院做出（2007）高民终字第1270号民事裁定，裁定驳回上诉，维持原裁定。此后，同人公司向最高人民法院申请再审。2008年10月30日，最高人民法院做出（2008）民申字第476号民事裁定，指令北京市高级人民法院再审本案。2009年6月16日，北京市高级人民法院做出（2009）高民再终字第20号民事裁定，裁定维持（2007）高民终字第1270号民事裁定。此后，同人公司向最高人民法院申诉。2011年5月24日，最高人民法院做出（2011）民监字第667号民事裁定，裁定撤销（2006）一中民初字第11721号民事裁定和北京市高级人民法院（2007）高民终字第1270号、（2009）高民再终字第20号民事裁定；指令一中院审理本案。在案件诉讼过程中，经同人公司申请，一审法院委托北京京评价格评估有限公司对同人公司在北京市昌平区太平庄村和东三旗村被征用土地上被损毁的苗木及喷灌设施进行了价格评估。2012年5月8日，北京京评价格评估有限公司出具京评（涉）字2012第40026号《价格评估报告书》，评估结果为，评估对象于2005年8月的市场价格为：10911798元整，其中，苗木的市场价格为10164433元整，喷灌设施的市场价格为747365元。

本院在审理中要求轨道公司提供施工记录、监理日志等资料，以证明入场施工的交接情况，但轨道公司未提供上述证据。

上述事实，有双方当事人陈述、《土地承包合同》、《建设用地规划许可证》、《地铁五号线征地补偿安置协议书》、《地铁五号线太平庄车辆段征地范围昌平区东小口镇太平庄村北京同人园林绿化有限公司所属树（苗）木数量确认单》、《地铁五号线（东三旗村）征地范围地上树木调查表》、《志华副市长交通工作专题会会议纪要》、《律师调查笔录》、现场照片、《现场勘查笔录》、《五号线太平庄北站（东三旗村）苗木移栽补偿协议书》、《五号线太平庄北站（太平庄村）苗木移栽补偿协议书》、《价格评估报告书》等证据材料在案佐证。

本院认为，同人公司经与东三旗村委会、太平庄村委会签订土地承包合同，合法取得被征用土地使用权。同人公司对其在被征用土地之上种植的苗木和设置的喷灌设施具有合法所有权，依法享有占用、使用、收益和处分的权利。在同人公司土地承包经营权受到侵害时，其有权起诉侵权人承担民事责任。同人公司请求权基础系建立在土地承包经营权之上，轨道公司主张案由应为财产损害补偿纠纷，而财产损害补偿仅为承担侵权责任的一种方式，其基础法律关系应为土地承包经营权，故一审法院确定案由并无不当，法院有权审理土地承包经营权的侵权之诉。

轨道公司称一审判决认定轨道公司实施了侵权行为缺乏事实依据，现有证据恰恰证明一审判决认定的事实与客观事实不符。经一审和本院审理查明，能够认定同人公司已经提交充分证据证明双方协商征地补偿的全部过程，同人公司苗木和喷灌设施被强拆的事实以及被强拆后的土地成为轨道公司五号线建设工地的事实。轨道公司所称苗木和喷灌设施被强拆系法院先予执行，经本院调查已证实法院并未采取先予执行措施，仅有部分苗地由同人公司自行腾出，并获得村委会相应补偿。轨道公司称苗木系同人公司自行移走，但并无证据证明，而相关证据证明苗木被毁损并堆放在施工土地旁。本院为查明事实，要求轨道公司对提供施工记录、监理日志等资料，以证明入场施工的交接情况，其目的在于还原真相，证明轨道公司权利获得的正当性。因为轨道公司所取得建设五号线的部分土地，其土地承包权人为同人公司，轨道公司有责任证明其取得土地系正当取得，并进行了妥善安置与补偿，并未侵犯土地承包权人享有的土地承包经营权。从现有证据显示，轨道公司与同人公司一直未就土地补偿达成协议，以至引发诉讼。实际上，同人公司所承包土地除部分在与东三旗村委会诉讼中，达成协议并获得部分补偿外，并未就整体土地承包权和苗木的补偿达成协议。因此同人公司并未丧失了索要苗木所有权补偿的权利，一审法院委托评估公司所做的评估是合理确定损失的一种方式。

依据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第二十六条规定：土地补偿费归农村集体经济组织所有；地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。《北京市建设征地补偿安置办法》第八条规定：征地单位支付的征地补偿费包括土地补偿费和安置补助费。涉及青苗和其他土地附着物的，还应当向所有权人支付青苗补偿费和其他土地附着物补偿费。《北京市森林资源保护管理条例实施办法》第十三条规定：工程建设占用或者征用苗圃地的，苗木的补偿标准按市场价格计算。一审法院根据上述规定，认定轨道公司应当获得补偿的依据充分。轨道公司因地铁五号线工程建设需要征用同人公司承包土地，本应按照有关法律法规依法与同人公司协商被征用土地范围内苗木及喷灌设施的补偿事宜，但是其在未能就补偿事宜与同人公司达成一致意见及签订书面补偿协议。轨道公司在没有取得正当的权利和没有对同人公司进行合理补偿的情况下，进场施工的行为，侵害了同人公司的合法权益。一审法院根据《中华人民共和国民法通则》第一百一十七条、《中华人民共和国侵权责任法》第十九条之规定，认定轨道公司应当按照同人公司财产损失发生时的市场价格进行赔偿，并扣除已经从东三旗村委会和太平庄村委会处取得了4841194元苗木补偿的判决理由正当，本院予以确认。轨道公司的上诉请求，缺乏事实及法律依据，本院不予支持。据此，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项之规定，本院判决如下：

驳回上诉，维持原判。